墨脱县位于西藏东南部、喜马拉雅山的东端，境内东西有加拉白垒峰和南迦巴瓦峰两座高山耸立，雅鲁藏布江从中穿流而过，形成纵深达6000米 的险峻峡谷——雅鲁藏布大峡谷。印度洋的暖湿气流经峡谷北上，为这里带来丰沛的降雨，因此墨脱所在的林芝地区被称为“西藏江南”。
这儿也是西藏植物多样性最高的地区，80%以上的植物种类都汇集在林芝地区，从墨脱南部海拔不到600米的雅鲁藏布江面，到海拔7782米的南迦巴瓦峰，水平距离不过40公里，却集中了热带到寒带几乎所有的植被类型：从热带季雨林、常绿阔叶林，到针阔叶混交林、暗针叶林，再到高山灌丛、草甸和流石滩，对生境喜好不同的各类植物都能在这里找到它们的安居之所，这使得墨脱县拥有近3000种高等植物，占林芝地区的一半种类。
海拔600-1100米的河谷地带有世界上分布最北的热带季雨林，细青皮(Altingia excelsa)、千果榄仁(Terminalia myriocarpa)等高大乔木参天而立，野芭蕉在林缘和林间散布，树干上长满了各种蕨类和附生兰花，如石斛(Dendrobium spp.)、石豆兰(Bulbophyllum spp.)等，这里即使冬季也是炎热多雨，繁花盛开。
海拔1100-2600米为壳斗科植物占优势的亚热带常绿阔叶林，但在一些陡坡地带也不乏有高山松、不丹松组成的针叶林。阔叶林下植物种类也是极为丰富的，小乔木、灌木、草本依次占据不同的高度，藤本植物发达，葡萄科、防己科、豆科、棕榈科等多种藤本悬挂于林间，林下还常常出现一些寄生植物，如蛇菰(Balanophora spp.)，许多附生植物，如天南星科的崖角藤、苦苣苔科的各种苣苔、杜鹃花科的树萝卜等，也纷纷“上树”，点缀在树干之上。
从海拔2500-3700米，逐渐从针阔混交林过渡到暗针叶林带，随着海拔的升高，先是铁杉出现，然后是云杉和红杉，最后是冷杉。针叶林下的阔叶树种也不少，尤以杜鹃最为茂盛，在春天形成艳丽的花海景观。
海拔3500-4000米是高山灌丛和草甸带，这里湿度高，温度低，又常常处于没有森林遮挡的山口地带，因此灌木都长得很矮，在低海拔很高大的杜鹃和柳树的亲戚，到这里也都长成几十厘米的矮灌丛，草本植物或躲在灌丛下，或互相之间紧靠着生长，叶子通常都不大，但花朵却非常显眼，每到夏季雪融之后，各种报春(Primula spp.)、龙胆(Gentiana spp.)、绿绒蒿(Meconopsis spp.)、马先蒿(Pedicularis spp.)竞相开放，争奇斗艳，高山上好似点缀着缤纷的花环。
海拔4000-4300米为高山流石滩，这里更加寒冷，碎石成堆，土壤发育很差，地衣贴附在石块表面生长，植物要么躲在石缝中，要么长成厚厚的垫状，用以保暖。当然也有顽强生长的大个头，如塔黄(Rheum nobile)、雪莲(Saussurea spp.)、贡山蓟(Cirsium eriophoroides)等，它们各自都有防寒的本领，在这苦寒之地彰显自己的强壮。
