芒康滇金丝猴国家级自然保护区总面积18.53万公顷，2003年1月经国务院批准为国家级自然保护区，累计投入建设资金4063.89万元分三期实施。类乌齐马鹿国家级自然保护区总面积120614.6公顷，2005年7月经国务院正式批准建立为国家级自然保护区，累计投入建设资金7438万元分四期实施。截至目前，昌都市芒康滇金丝猴国家级自然保护区三期工程和类乌齐马鹿国家级自然保护区四期工程均已完工，正开展竣工验收工作。

通过完善保护区管理机构，建设保护与恢复工程、科研与监测工程、宣传与教育工程、基础设施及附属工程，初步形成保护为主、宣教结合、防控和发展于一体的多功能保护区，积极促进了人与自然和谐发展，有效保护区内马鹿、滇金丝猴、白唇鹿、雪豹、藏雪鸡等珍惜濒危野生动物及高原生态环境。